COVID-19 系列文一：新型病毒鑑定
對新型冠狀病毒進行定序，能夠支持基因體流行病學中的病毒鑑定，並幫助公共衛生部門了解病毒的身份是否正在發生變化，以及結合所有其他流行病學數據來追溯傳播機制。
在這次的 COVID-19 疫情初期，第三代定序技術 Oxford Nanopore 便積極與科學家們通力合作，支持開發對新型冠狀病毒測序的最佳實踐和實驗方案：
Jan 7th
中國研究人員在美國國立衛生研究院 GenBank 數據庫和全球流感數據共享計劃 (Global Initiative on Sharing All Influenza Data，GISAID) 數據庫共享了 COVID-19 病毒的完整基因序列，之後又發表了關於分離 COVID-19 病毒的報告。核酸是從陽性樣本 (口咽部和鼻咽部) 提取出，並在 Illumina 和 MinIon 進行了全基因組定序。
Jan 22th
ARTIC network [1] 發布了一套可協助研究人員測序新型冠狀病毒 COVID-19 的實驗材料，包含 primer 設計、實驗方案、生資教程和資料庫。
Jan 2th
NEJM 發表了一系列關於新型冠狀病毒和疫情爆發的報告，其中包括一篇以中國疾病預防控制中心為首、多機構合作的文章：A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019.。此報告調查的結果確定了肺炎簇的來源，並描述了肺炎患者樣本中檢測到的一種新型冠狀病毒以及其臨床特徵，其中便使用 Nanopore 定序作為研究方法的一種。
同日 The Lancet 上同樣發表了大量有關 COVID-19 病毒的內容。其中一篇來自香港大學深圳醫院的論文，分析了與 2019 年新型冠狀病毒相關的家族性肺炎，即是用 MinION 定序，並輔以 Sanger 定序，表明了該病毒可在人際間傳播：A familial cluster of pneumonia associated with the 2019novel coronavirus indicating person-to-person transmission: a study of a familycluster.
Oxford Nanopore 在病毒的鑑定上，各地的科學家們已經開發出了多種方案，包括茲卡病毒、伊波拉病毒、黃熱病和 H1N1 在內的多種病原體等，可在一天內快速提供病毒基因組一致性序列。對於 COVID-19，亦可將病毒 RNA 反轉錄為 cDNA 後，利用共 98 對引子，覆蓋 COVID-19 病毒序列，再搭配 Nanopore 的 ligation kit 建庫進行全長定序，亦可搭配 barcode 進行多樣品定序。
[1] ARTIC Network是一個旨在為病毒爆發開發方案，提供實時的流行病學信息以供公共衛生機構判斷並採取行動的項目。由包括牛津大學、劍橋大學和愛丁堡大學在內的多所大學聯合組成。
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